Quindi 0\1 = 0+"ciò che hai trovato", giusto?
Sì, corretto. Tieni comunque conto che questo è un caso semplice dove c'è un solo gruppo, per cui \1 identifica quell'unico primo gruppo. In casi più complessi potresti avere più gruppi anche annidati, per cui dovrai fare bene i conti per identificarli al meglio e utilizzarli nella stringa di sostituzione.

Quello che non capisco è come mai nel caso del <mese>(\d)< mi considera solo i numeri da 1 a 9: se \d identifica un numero qualunque come mai non considera quelli da 10 in poi? Non credo che centrino in qualche modo le parentesi


\d identifica una singola cifra numerica.
Per identificare sequenze di più cifre si possono apporre delle altre regole particolari, dette "quantificatori".

Ad esempio \d* cerca una qualsiasi sequenza di caratteri numerici (da 0 a più caratteri) come in uno dei casi visti, mentre \d+ cerca una qualsiasi sequenza di caratteri numerici (da 1 a più caratteri). Nell'ultimo caso invece ho usato \d{5} che specifica di cercare una sequenza di caratteri numerici di 5 cifre esatte.

Sì, tutti i numeri inferiori o uguali a 5 devono essere portati a 6 cifre aggiungendogli altrettanti 0 davanti.
Ok, questa è una specifica importante per cui l'ultima forma che ti ho proposto andrebbe rielaborata.
In generale, ciò che vuoi fare, si chiama "leading zeros" (o padding zero).
Ora, aggiungere un singolo 0 iniziale, dove serve, è relativamente semplice con una regex, ma quando si tratta di aggiungere più zeri, a seconda di quanti ne servono, diventa un po' complicato a meno di non usare delle regex in ambito programmatico o, ad esempio, con una macro. Ad ogni modo si può provare a far qualcosa di semplice con Notepad++ in questo particolare caso, magari ripetendo semplicemente la sostituzione per 5 volte o per quel che serve.

Potrei inoltre avere dei casi corretti, come da te correttamente supposto. Nel qual caso la cifra sarà di 6 cifre, comunque essa sia composta e quindi possiamo ignorarla.
Ti ho detto da 6 cifre in su perché ho un altro tag con un nome simile, che però non voglio considerare, che ha al suo interno un numero di cifre superiore a 6.
In questo caso ci limitiamo a considerare le sequenze da 1 a 5 cifre. Per cui tutte le sequenze da 6 cifre in su non saranno prese in considerazione, come tu stesso hai poi indicato.

Avevo provato a guardare un po' online e ho fatto una serie di goffi tentativi ma senza risultati. Perciò grazie della guida, la guarderò appena possibile.
Capire come utilizzare le espressioni regolari può risultare veramente utile in svariate situazioni. Certo, non è così semplice imparare ad applicarle in modo corretto e capire come elaborarle al meglio per risolvere i vari casi, ma è comunque buono avere perlomeno una base di partenza. Quella guida, come molte altre, ti sarà sicuramente utile in questo.

Rielaborando l'ultimo pattern, in modo da trovare sequenze da 1 a 5 cifre numeriche, puoi provare una cosa del genere:
Trova: >(\d{1,5}</cod_)
Sostituisci con: >0\1

Come anticipato, questo aggiungerà solo uno 0 perché non puoi programmare il numero di 0 nella casella di sostituzione a meno di non utilizzare qualche macro.
In questo caso però, per fare una cosa semplice, puoi ripetere la sostituzione cliccando "Sostituisci tutti" finché non otterrai 0 occorrenze trovate; a quel punto sei sicuro che tutte le sostituzioni possibili saranno state effettuate.