Ciao
da quanto ho capito vedendo la pagina, credo tu debba tenere fuori dalla header il menu.
Pare ci sia un padding, che non fa estendere in lunghezza 100% il menu.
dovresti impostare:
header
menu
main ( o content)
footer
come hai fatto tu, se alla header hai assegnato il padding, ovviamente il menu non si può estendere a tutto schermo.
Spero di aver interpretato la tua domanda.
Saluti
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