In passato ho fatto una cosa simile ma sull'hardisk interno del pc. Funzionava tutto a meraviglia fino a quando non mi stufai di vedere la fastidiosa scelta di boot ad ogni avvio, e visto che Linux non lo utilizzavo quasi mai ho provato a rimuoverlo (in maniera abbastanza grezza ) restando poi con il pc non avviabile (pur avendo ancora Windows).
Credo che la partizione di Linux conteneva anche il maledetto boot T.T
Infine ho risolto con una bella formattazione da 0
Chiedo un consiglio a voi per evitare nuove (e vecchie) spiacevoli sorprese..