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SELECT markers.id, markers.ts, markers.addresstre, markers.addresscinque, markers.addresssei, comments.idcomment, comments.comment 
FROM markers 
LEFT JOIN comments ON markers.id = comments.idcomment  
WHERE markers.azienda = users.azienda 
ORDER BY markers.ts DESC

Ovviamente, users.azienda sarà direttamente l'id/nome (o quello che hai usato) dell'utente.
Tra l'altro, visto che hai detto (se non ho capito male) che chi si logga vedrà solo quello della relativa azienda, non serve neanche che ti porti dietro l'id (forum.php?uid=<id>)
Quando fanno il login, ti metti in sessione anche l'azienda. poi nella varie pagine la riprendi da li e la usi nella query

session_start();
$user = $_SESSION['user']; // o nell indice che usi

$sql = "SELECT markers.id, markers.ts, markers.addresstre, markers.addresscinque, markers.addresssei, comments.idcomment, comments.comment 
FROM markers 
LEFT JOIN comments ON markers.id = comments.idcomment  
WHERE markers.azienda = {$user['azienda']} 
ORDER BY markers.ts DESC:"
// PS: 'azienda' ipotizzo sia un intero. se è una stringa va tra apici
...il resto è uguale