codice:Dim filepath As String = HttpRuntime.AppDomainAppPath & "Uploads\Temp\" & nomefile
se vai in debug, il percorso filepath è corretto e soprattutto assoluto ? (C:\uploads\temp\pippo.txt)
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l'altra cosa che mi viene in mente è che il file da te generato sia in uso. Quindi seconda prova, fai un fake file di test senza generarlo.
fai sapere