Si...mi son perso una parentesi :
if(isset($_POST['filtro1']) && $_POST['filtro1']){
Cmq, mi par di capire che il tuo problema è che su trattamento hai bisogno di un OR non di un AND.
Se hai più campi su cui fare la ricerca potresti pensare di "raggrupparli" lato form in un array:
Codice PHP:
<form>
<input name="trattamento[]" value="1" type="checkbox">
<input name="trattamento[]" value="2" type="checkbox">
<input name="altocampo[]" value="6" type="checkbox">
<input name="altocampo[]" value="7" type="checkbox">
</form>
Lato php
Codice PHP:
if(!empty($_POST['trattamento'])){
$query .= " AND trattamento IN (". implode(',',$_POST['trattamento']).')'; // se i valori sono interi
$query .= " AND trattamento IN ('". implode("','",$_POST['trattamento'])."')"; // se i valori non sono interi
}
Ovviamente se il filtro è solo sul campo trattamento allora ti basta cambiare AND con OR