Due sistemi:
1. ti crei tante classi con i colori che ti piacciono e assegni al tuo <div> quella che viene selezionata:
document.getElementById('ID_DIV').className = 'nomeclasse';

2. assegni l'attributo che vuoi cambiare direttamtne:
document.getElementById('ID_DIV').style.background Color = '%RRGGBB';
dove RRGGBB e` il codice esadecimale del colore

Per riferimento alla sintassi del CSS, vedi la guida sui CSS e/o i link utili del forum "CSS e XHTML" (sotto "HTML")