ciao fiorentinese innanzitutto tutto ti consiglio di installare firefox e l'estensione firebug, che ti puo' essere molto utile per il debug dei tuoi script, e non solo.
Il conflitto deriva dal fatto che hai utilizzato lo script sbagliato per lo scroll dei link: infatti il codice che hai postato è quello relativo a Prototype e Scriptaculous.
prova quindi ad integrare con il tuo menu l'esempio giusto che utilizza JQuery: Scrolling link JQuery
In questo caso non utilizzerai più il metodo document.observe(che è proprietario di Prototype), ma l'equivalente di Jquery $(document).ready.
Codice PHP:
$(document).ready(function(){
$("#menuInternoSuperiore a").hover(function() {
$(this).next("em").animate({opacity: "show", top: "-40"}, "slow");
}, function() {
$(this).next("em").animate({opacity: "hide", top: "-40"}, "fast");
});
$('a[href^=#]:not([href=#])').click(function(e){
$('html, body').animate({
scrollTop: $($(this).attr("href"))
.offset().top }, 1000);
e.preventDefault();
});
});