Ciao bandofa,
Pultroppo java non supporta, almeno non nella versione 6 (sarà una features della 7), l'attributo hidden sul file inquanto i file nascosti vengono gestiti differentemente dai diversi SO. Se comunque vuoi creare un file nascosto in widows pui usare il seguente codice.
codice:
File aFile = new File("Example.txt");
aFile.createNewFile();
String comando = "C:\\WINDOWS\\System32\\ATTRIB.EXE +H Example.txt";
//String comando ="ATTRIB.EXE +H Example.txt"; se nella variabile d'ambiente c'è il percoso //specificato sopra
Runtime.getRuntime().exec(comando );
Ovviamente usando tale codice comprometti la portabilità del programma.