Rieccomi, tornato da vacanze e casini vari 
Ho fatto altri controlli e adesso, oltre al web service creato da Netbeans, vedo e posso istanziare la classe per autenticarmi.
Questa è la classe in NET sul web service per l'autenticazione:
codice:
public class Authentication : SoapHeader
{
public string User;
public string Password;
}
Dal lato java, quello che mi interessa, il codice per richiamare il web service è:
codice:
testbo.MyService service = new MyService ();
testbo.MyService Soap soap = service.getMyService Soap();
testbo.Authentication auth = new testbo.Authentication();
auth.user = "utente";
auth.password = "password";
String saveError = service.getMyMethod("blabla");
Se tolgo l'autenticazione da codice lato web service, funziona perfettamente..
La domanda spero corretta è: l'oggetto auth dove lo passo per settare l'header Soap per l'autenticazione?