Lettura e scrittura NullPointer

[Darèios89]

Vi prego di darmi una mano. Dovrei leggere un file xml e prendere dei nomi da questo. Vi pregherei di scaricare l' xml al primo link di questo sito:

http://www.drugbank.ca/downloads


Il senso del codice sarebbe, finchè non trovi questa stringa "<drug-interaction>" continua a leggere, poi avanza di due righe e salva il nome di una stringa. Se eseguite il codice vi verrà fuori una nullpointerException che non mi so spiegare....se cercate nell' xml il nome precedente all' eccezione, cercando "<name>Simvastatin</name>" si vede che non è finito il file, perchè ho un nullpointerexception nel ciclo

while((line.indexOf("<drug-interaction>"))==-1){

?

Il codice è questo:

import java.io.*;


public class Prova{
	
	public static void main(String [] args)
	{
		
		try{
			
			String line="";
			
                        BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader("drugbank.xml"));

			int tot=0;  //Conterrà il numero di righe del file
			
			while((line=reader.readLine())!=null){
				tot=tot+line.length();
			}
			
			reader = new BufferedReader(new FileReader("drugbank.xml"));
			
			line=reader.readLine();
			
			while(reader.ready()){
				
					String namegene="";
					String namedrug="";
					boolean founded=false; //boolean per ricerca partner id
					boolean match=false;   //bool confrtonto nomi bio4j e drugbank.xml
					int position=0;   //per riavvolgere il buffer
					int start, end=0;
					boolean hastarget=false;   //Non tutti i drug hanno dei target
				
					while((line.indexOf("<drug-interaction>"))==-1){   //scorro fino ad avere un drug
		
						if(tot-position==0)
							System.exit(0);        //FINE FILE, DRUG CONTROLLATI
						
						line=reader.readLine();
						
						//position=position+line.length();
					}
					
					//position=position+line.length();
					line=reader.readLine();
					//position=position+line.length();
					line=reader.readLine();
					//position=position+line.length();
					
					start=line.indexOf("<name>")+6;
					end=line.indexOf("</name>");
					
					namedrug+=line.substring(start, end);
					
					System.out.println("namedrug is "+namedrug+'\n');
			
						}
				
				
		    reader.close();
		}
				
		   catch(IOException e){System.out.println("Errore IO");}
		   
	}
}

[MItaly]

Fare il parsing di un file XML in questa maniera è un pochetto... barbaro diciamo Usa le apposite classi di Java per il parsing dell'XML (credo sia incluso sia un parser DOM che uno SAX).

[Darèios89]

Ok grazie, peroverò a sistemare. Aldilà di questo sapresti individuare il perchè di un possibile nullpointer? Non so se è correlato a parsing.

[LeleFT]

Beh... questo pezzo di codice è sicuramente sbagliato:

while((line.indexOf("<drug-interaction>"))==-1){   //scorro fino ad avere un drug

   if(tot-position==0)
      System.exit(0);        //FINE FILE, DRUG CONTROLLATI

   line=reader.readLine();
						
   //position=position+line.length();
}

Supponendo di essere arrivati all'ultimo "<drug-interaction>", cosa succede DOPO? Succede che il file continua ad essere letto fino alla fine. Quindi verrà eseguita ancora la riga di codice della lettura ( line = reader.readLine() ), ma a questo punto, la stringa "line" non conterrà mai più il tag "<drug-interaction>", quindi tu continuerai ad iterare su quel while. Quando anche l'ultima riga del file è stata letta, l'invocazione successiva di readLine() ritornerà "null" ecco il tuo NullPointerException: sei ancora dentro al while e, anche dopo l'ultima readLine() continui a verificare se line.indexOf("..."), ma "line" ora è nullo perchè il file è finito.

Non è quello il modo di controllare le letture dal file: quando si legge un file in modo iterativo si deve sempre controllare, dopo ciascuna readLine() che la riga letta non sia nulla.


Ciao.

[Darèios89]

Si ma è strano.....se io scrivo una cosa del genere:

		while(reader.ready()){
				line=reader.readLine();
				tot++;
				System.out.println(tot);
			}

Mi dovrebbe stampare il numero di righe dell' xml........cioè 9000 e qualcosa. Il contatore supera i 20000....
Facendo delle prove con 10-15 righe funziona, ma stranamente se le righe sono di più il contatore non va più....

[LeleFT]

A dire la verità il file XML che hai linkato è mastodontico (94 MB), quindi sono sicuramente ben più di 9.000 righe... precisamente sono 2.029.593 righe (l'ho aperto con Context e, per sicurezza, mi sono scritto un programma di calcolo delle righe: coincidono).

Ma non capisco cosa c'entri il numero di righe del file con quello che stai facendo... stai cercando determinati tag... bene, ogni tag ha anche la sua controparte di chiusura (che potrebbe essere sulla stessa riga, ma questo riguarda solo determinati tag, altri sono aperti su una riga e chiusi su un'altra) e verso la fine del file ci sono solo tag di chiusura di elementi aperti precedentemente. Quindi, il numero di righe del file non c'entra assolutamente nulla con quello che stai facendo tu (infatti, mi domando perchè ne conti le righe all'inizio ).

Ciao.

[Darèios89]

Si alla fine ho risolto sistemando meglio la lettura. Ora avrei un altro problema, legato all' uso dei metodi mark() e reset() della classe BufferedReader. Il primo prende un intero....ma ho un' eccezione di marcatura invalida. Sorvolando su quello che fa il codice la uso qui:
In sostanza ho una variabile position che incremento con la lunghezza della stringa corrente per sapere a che punto sono arrivato nella lettura. Ammesso che sia giusto.

while(!(line.equals("      <drug-interaction>"))){	//Finchè non inizia un nuovo drug devo controllare tutti i target
				
		line=reader.readLine();
	        position=position+line.length();
			
		if((line.equals("    <targets>")))
		{
		        line=reader.readLine();
			position=position+line.length();
			reader.mark(position);
									
		 start =line.indexOf("partner")+9;   //indici sottostringa che contiene id del target partner
			 end=line.indexOf(">")-1;
			String partner=line.substring(start,end);
		    System.out.println("partner has number "+partner+'\n');
					
.
.
.
.
.

Compilando ed eseguendo ho:

10890
java.io.IOException: Mark invalid
	at java.io.BufferedReader.reset(BufferedReader.java:505)
	at Prova.main(Prova.java:181)
>Exit code: 0

Dove quel valore è position e l' eccezione è proprio alla chiamata reset.

Come mai?