Non credo, ma è piuttosto "facile" farlo: crea uno script per il lancio dell'applicazione. Nello script, punta all'eseguibile Java che ti interessa.
Esempio, ho installato Java 1.4.2 e Java 6, voglio lanciare Pippo con Java 1.4.2 e Pluto con Java 6:
Per avviare Pippo
codice:
REM -- Script di avvio di Pippo
CD \Installazione\Di\Pippo
C:\Programmi\Java\jre1.4.2\bin\javaw -jar Pippo.jar
Per avviare Pluto
codice:
REM -- Script di avvio di Pluto
CD \Installazione\Di\Pluto
C:\Programmi\Java\jre6\bin\javaw -jar Pluto.jar
Edit: esiste anche la possibilità di indicare la versione da avviare:
codice:
java -version:"1.4.2" -jar Pippo.jar
ovviamente, tale versione della JRE deve essere installata.
Qui la panoramica completa delle opzioni dell'esecutore Java.
Ciao.