Ciao , ho voluto provare il tutto su IDE arduino , e mi presenta un messaggio che string non è un parametro valido per la funzione int() , dalla chiara documentazione fornita ,quando ho trovato scritto che il parametro di int() poteva essere di qualunque tipo ho immaginato potesse essere anche di tipo String 
Propongo una soluzione alternativa ..... , da verificare se funziona o meno .
codice:
String orario =rtc.getTimeStr();
char buffer[10];
char tmp[3];
orario.toCharArray(buffer, 10);
strncpy(tmp,buffer,2);
int ora=atoi(tmp);
strncpy(tmp,buffer+3,2);
int minuti=atoi(tmp);
strncpy(tmp,buffer+6,2);
int secondi=atoi(tmp);