Ho riscritto il tuo codice in maniera più leggibile:
	Codice PHP:
	
$conta_td = 1;
$numero_td = 1;
echo " <table class=\"table table-striped table-bordered table-hover\"> <tbody>";
$f = fopen("Func/form_ipn.log", "r");
while (!feof($f)) {
    $array = explode(",",fgets($f));
    $row = current( $array );
    if ($conta_td == 1)
        echo  "<tr>";
    echo"<td>$row </td>";
    if ($conta_td == $numero_td) {
        echo  "</tr>";
        $conta_td = 1;
    } else {
        $conta_td++;
    }
}
if ($conta_td!= 1) {
    while ($conta_td <= $numero_td) {
        echo  "<td> </td>";
        $conta_td++;
    }
    echo"</tr>";
}
echo  " </tbody></table>"; 
 
Spero tu sappia che, per come li hai messi, $conta_td e $numero_td  rimangono sempre a 1 per tutto il tempo, e quindi l'else dentro il while  e l'if fuori dall'while non sono mai eseguiti.
A parte questo, puoi estrarre le ultime N righe di un file in due secondi così, anziché usare while(!feof($f)) e fgets e current:
	Codice PHP:
	
$N = 2;
$tutte_le_righe = file('Func/form_ipn.log');
$ultime_righe = array_slice($tutte_le_righe, -$N); 
 
dove $tutte_le_righe è un array e $ultime_righe è un array ridotto estrapolando $N righe dalla fine dell'array.