E' una cosa che si può fare tranquillamente, riprendendo l'esempio di Lele; se tu hai un dipendenza :
Libreria A -> dependency JAR1, JAR2, JAR3
e che tu voglia sostituire la dipendenza JAR3 allora nel tuo pom dovrai avere un cosa del genere
codice:
<dependency>
<groupId>sample.ProjectA</groupId>
<artifactId>LIBRERIA-A</artifactId>
<version>1.0</version>
<scope>compile</scope>
<exclusions>
<exclusion> <!-- declare the exclusion here -->
<groupId>sample.ProjectB</groupId>
<artifactId>JAR3</artifactId>
</exclusion>
</exclusions>
</dependency>
Cioè in poche parole in questo modo dici a maven di escludere il JAR 3 dall'albero delle dipendenza di quella dipendenza (scusa il gioco di parole).
A questo punto non ti resta altro di aggiungere un'ulteriore dipendeza al tuo jar modificato e il gioco è fatto.
Ciao