Forse chiami due volte la stessa pagina (lo stesso codice).
Comunque è più corretto in questo modo se i valori sono anche di tipo intero.
	Codice PHP:
	
if($fatturato == "Si"){
$sql5 = "SELECT Quantita_fatturate FROM bombole WHERE chili_bombola='$tipo_b' . 'LMIT 0,1'";
    if($result5 = mysqli_query($link, $sql5)){
        if(mysqli_num_rows($result5) > 0){
          $row5 = mysqli_fetch_array($result5);
          $qua_fatturate = (int) $row5['Quantita_fatturate'];
mysqli_free_result($result5);
            if ( $qua_fatturate < $quantita_vendita) {
echo "ERRORE, qua_vendita non puo essere piu grande di qua_fatturate";
            }else{
              $sql6 = "UPDATE bombole SET Quantita_fatturate=Quantita_fatturate - " . $quantita_vendita . " WHERE chili_bombola='$tipo_b'";
                 if($result6 = mysqli_query($link, $sql6)){      
  
                    mysqli_free_result($result6);
                    echo "SUCCESSO";
            }
         }
      }
   }
} 
 
Se invece di valutare la condizione vera valuti la condizione falsa cioè 
	Codice PHP:
	
if ( !($qua_fatturate < $quantita_vendita)){
//query sql
//ovviamente dovrà sempre esistere $quantita_vendita altrimenti è un errore di programmazione, lo stesso vale anche per $fatturato.
} else {
//errore
} 
 
Comunque $_GET significa valori inviati dal form e accodati alla url o semplicemente accodati alla url, non c'è bisogno di inviare da form ma puoi inserirli nella url ricordando che [] le parentesi quadre hanno uno scopo speciale per php che crea un array invece di una variabile... comunque dato1=val1+&dato2=val2+  dovrebbe essere dapprima recuperato effettuando urlencode (%hh o +) sulla chiave e valore esistono anche due funzioni  php native parse_str e http_build_query (poiché  $_GET usa urldecode internamente) poi giustamente potrai aggiungere alla url. Ma vabbè dettagli.