Non ne capisco proprio il motivo di questa tua scelta 
Comunque si può fare. la pagina che apri con window.open deve avere un iframe o un frame che contiene la pagina che non vuoi che venga cliccata.
Poi col css devi porre un box trasparente con posizione assoluta grande quanto il frame.
Più o meno la pagina deve essere così:
codice:
<html>
<head>
<style type="text/css">
body, html, iframe, #copri { height:100%; width:100%; padding:0px; margin:0px; }
#copri { position:absolute; width:100%; height:100%; top:0px; left:0px; }
</style>
</head>
<body>
<div id="cover"></div>
<iframe src="pagina.htm" />
</body>
</html>
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