Ripensandoci meglio ti ho scritto una fesseria. Con mysql_num_rows visto che devi fare un raggruppamento non otterresti il numero totale dei record, quindi il calcolo della percentuale risulterebbe completamente sballato. Mi sa che ti servono due query, quindi tanto vale calcolare la percentuale direttamente tramite sql.
Codice PHP:
$query1 = mysql_query("set @tot = (select count(p1a) as tot from tabella)");
$query2 = mysql_query("select p1a,count(p1a) as quanti,count(p1a)/@tot*100 as percentuale from tabella group by p1a");
while ($row = mysql_fetch_assoc($query2)) {
echo $row['p1a'].' '.$row['quanti'].' '.$row['percentuale'].'
';
}