Ho questa strana situazione.
Un sito con elementi Javascript, molto molto semplice. (e per fare le prove ho lasciato nel codice solo il minimo indispensabile).
Se faccio doppio clic sul file index.html (in modo che il browser si apra con file:// etc) il sito lo vedo bene e senza problemi.
Se invece accedo allo STESSO SITO mediante localhost/sitoweb (perchè i file sono dentro Inetpub/wwwroot/etc) il Javascript (nel caso specifico jQuery) non funziona!
Ho controllato le impostazioni di Explorer (6.0.2) e sembra tutto regolare.
Bah!