Ho un problema con i programmi FTP e gli script.

Quando tento di caricare un file (mi è successo sia con molti script php che con qualche js), FileZilla mi riformatta il file mettendomi tutto su una sola riga.
Ovviamente se ci sono commenti, tutto il codice dopo del commento viene commentato e non funziona niente.

Il problema si è presentato anche con Cute FTP.

I file sono formattati in UTF-8 senza BOM e uso Notepad++ come editor.
Non lo fa con tutti i file, ma solo con alcuni.
Se carico un sito ad esempio, qualche classe e qualche altro script vengono messi su riga singola, altri vengono messi così come li ho formattati io.

Qualcuno ha avuto lo stesso problema e sa come risolverlo?

Ho controllato e lo fa sia sui file in ANSI sia sui file in UTF-8 senza BOM