Sto ristrutturando il mio sito di ecommerce, passando da uno realizzato in flash ad un altro realizzato in php.

Attualmente il sito di ecommerce è inserito nel dominio del sito, in una sottocartella. Cosa mi consigliate? Lasciare stare tutto come si trova? Mettere il nuovo sito di ecommerce in un dominio nuovo? Un dominio nuovo che punta su una sottocartella del principale? In un dominio di terzo livello?

Insomma, mi rivolgo alla vostra esperienza per sapere come comportarmi!!
Grazie mille a tutti in anticipo