Non sono sicuro di aver capito bene, ma se vuoi "ripulire" l'url presente nella barra in alto del browser non credo sia possibile con PHP. O quanto meno non avrebbe senso.
Mettiamo caso che il tuo url fosse così:
index.php?nome=Chiara
Codice PHP:
$nome = $_GET["nome"];
echo $nome;
Stamperebbe Chiara, e anche se l'utente trasformasse l'URL in questo
index.php?nome=Chiara&cognome=Doe
Codice PHP:
$nome = $_GET["nome"];
echo $nome;
Il codice non verrebbe influenzato e stamperebbe comunque Chiara.
Probabilmente non ho capito io, ma non vedo il motivo di "forzare" l'utente a restare confinato in un determinato URL 
Eventualmente, se proprio hai la necessità, ci sarebbero due modi principali che mi vengono in mente:
ModRewrite di .htaccess che ti permette ad esempio di trasformare l'url
articolo.php?id=12
in
/blog/categoria/2011-11-05/nome-articolo.html
o una cosa non proprio corretta da fare, che potrebbe essere così:
Codice PHP:
$id = $_GET["id"];
$percorsoCorrente = $_SERVER['REQUEST_URI'];
$sub = explode("?", $percorsoCorrente);
$paginaAttuale = $sub[0];
if($_SERVER['REQUEST_URI'] != $paginaAttuale."?id=".$id)
header("Location: ".$paginaAttuale."?id=".$id);
ovvero reindirizza l'utente sempre alla stessa pagina, se l'URL è diverso da quello preimpostato
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