Salve!

Sto riscontrando uno strano problema, ora vi spiego:
In pratica se creo il seguente file fxml:

codice:
<BorderPane id="mainWindow" prefHeight="480.0" prefWidth="800.0" xmlns:fx="http://javafx.com/fxml/1" xmlns="http://javafx.com/javafx/2.2">  <stylesheets>
    <URL value="@../../resources/css/application.css" />
  </stylesheets>
  <top>
    <HBox>
      <ToolBar id="mainToolBar" minHeight="66.0" prefHeight="66.0" HBox.hgrow="ALWAYS">
        <items>
          <Region HBox.hgrow="ALWAYS"/>
          <Button />
          <Button />
          <Region HBox.hgrow="ALWAYS"/>
          <VBox alignment="CENTER" spacing="5.0">
            <Button id="close" />
            <Button id="min" />
            <Button id="max" />
          </VBox>
        </items>
      </ToolBar>
    </HBox>
  </top>
</BorderPane>
Tutto funziona alla perfezione e viene generato il risultato sperato, il problema sorge quando uso scene builder in pratica se apro il file con scene builder il risultato visivo è corretto tuttavia se poi salvo il file, viene modificata la seguente parte:

codice:
...
      <ToolBar id="mainToolBar" minHeight="66.0" prefHeight="66.0" HBox.hgrow="ALWAYS">
        <items>
          <Region HBox.hgrow="ALWAYS"/>
          <Button />
          <Button />
          <Region HBox.hgrow="ALWAYS"/>
          <VBox alignment="CENTER" spacing="5.0">
            <Button id="close" />
            <Button id="min" />
            <Button id="max" />
          </VBox>
        </items>
      </ToolBar>
...
che diventa:

codice:
...
      <ToolBar id="mainToolBar" minHeight="66.0" prefHeight="66.0" HBox.hgrow="ALWAYS">
        <items>
          <Region/>
          <Button />
          <Button />
          <Region />
          <VBox alignment="CENTER" spacing="5.0">
            <Button id="close" />
            <Button id="min" />
            <Button id="max" />
          </VBox>
        </items>
      </ToolBar>
...
Quello che faccio non mi sembra errato anche perché sono andato a ripescare gli esempi di javaFX dal sito della oracle e fa esattamente la stessa cosa, inoltre ripeto che se eseguo il codice il risultato che ottengo è esattamente quello che mi aspetto, il problema subentra solo se decido di usare scene builder.

Grazie in anticipo per le risposte.