Tra le note di rilascio della versione 6.29 si raccomanda di modificare il file .htaccess in sites/default/files
Al momento in STATUS REPORT>FILES DIRECTORY compare la scritta NOT FULLY PROTECTED
Se inserisco il nuovo .htaccess come indicato nella pagina http://drupal.org/SA-CORE-2013-003
il Not Fully Protected scompare ma mi si modifica la grafica del sito: scompaiono i links secondari, quelli primari non si aprono ecc

Nella pagina sopra indicata si legge anche :

Go onto your server, navigate to each directory, and replace or create the .htaccess file in this directory with the contents described below. Alternatively, you can remove the .htaccess file from each directory using SFTP or SSH and then visit the file system configuration page (admin/settings/file-system in Drupal 6 or admin/config/media/file-system in Drupal 7) and click the save button to have Drupal create the file automatically.

Cioè capisco che se prima cancello tutti gli htaccess e poi vado sulla pagina http://www.miosito.it/admin/settings/file-system Drupal costruisce htaccess giusto automaticamente

Se lo faccio cosa potrebbe succedere ?

Quali attenzioni ulteriori bisogna avere ?
Grazie per le risposte
Sandro