Il trucchetto che uso io è quello di usare classi css standard nel mio sito, e di "appendere" quelle di bootstrap (o di qualunque altro framework) dinamicamente tramite javascript. È vero che così facendo il browser fa del lavoro inutile che potrebbe richiedere qualche frazione di microsecondo, cosa che fa sbarellare i puristi, ma è dannatamente comodo e me ne sono reso conto in particolare quando ho fatto il passaggio da bootstrap 2 a bootstrap 3, o quando ho voluto provare altri framework... e nondimeno quando il cliente decide che vuole quella cosa un po' più così, e quella più cosà, magari a due mesi dalla fine del progetto.
Qualcosa tipo questo:
codice:
$( document ).ready(function() {
/* Layouts */
$("#header").addClass('grid flex clearfix');
$("#content").addClass('grid flex clearfix');
$("#footer").addClass('grid flex clearfix');
$(".sidebar").addClass('col_3');
$(".main").addClass('col_9');
$(".related").addClass('col_12');
$("#header ul").addClass('menu');
$(".sidebar ul").addClass('menu vertical');
.. eccetera
});