Potrebbe essere un virus nell'mbr.
Allora, salva questo file su C
http://www2.gmer.net/mbr/mbr.exe
Apri il prompt dei comandi e scrivi:
c:\mbr premi invio e intanto vedi cosa ti dice.
Se trovi qualcosa scarica questo file:
http://files.avast.com/files/rootkit-scanner/aswmbr.exe
E eseguilo, è tutto molto intuitivo.