Grazie mille ad entrambi per la risposta 
Ho "rubato" il codice che ha scritto las con gli if concatenati e modificato, sostituendo !isset con !empty.
Adesso la parte dell'utente (il primo controllo) non funziona ancora, mentre il secondo controllo funziona in modo corretto, devo solo controllare che ci siano le variabili settate in modo corretto e tutti i nomi corrispondono
Adesso il codice è in questo modo
Codice PHP:
<?php
session_start();
echo ' <link rel="icon" href="favicon.ico" /> ';
echo ' <title> Lista per folder </title>';
echo '<style> a{text-decoration: none;} *{ font-size: 15;} b{ font-size: 0.844em;} .testo{ border-bottom: 1px solid #c0c0c0; }</style>';
//connessione al server DB
$link_connessione = mysql_connect("localhost","xxxx","") or die ("Connessione impossibile");
//Selezione del database
$db = mysql_select_db ("xxx", $link_connessione) or die ("Database inesistente!");
$Utente = $_SESSION['Utente'];
$Folder = $_SESSION['Folder'];
$Capsule = $_SESSION['Capsule'];
$Report = $_SESSION['Report'];
if(!empty($Utente)) {
$query= "SELECT * FROM `test` WHERE utente='$Utente'";
$tabella= mysql_query($query, $link_connessione) or die ("Attenzione: errore nella query");
echo '<a href="index.html"><input type="button" value="Torna alla pagina principale" href="index.html"></a>';
}else{
if(!empty($Folder)){
$query= "SELECT * FROM `test` WHERE IDFolder='$Folder' ORDER BY `IDFolder`,`IDCapsule`,`IDReport`,`utente` ASC";
$tabella= mysql_query($query, $link_connessione) or die ("Attenzione: errore nella query");
echo '<a href="index.html"><input type="button" value="Torna alla pagina principale" href="index.html"></a>';
}else{
$query= "SELECT * FROM `test` ORDER BY `IDFolder`,`IDCapsule`,`IDReport`,`utente` ASC";
$tabella= mysql_query($query, $link_connessione) or die ("Attenzione: errore nella query");
echo '<a href="index.html"><input type="button" value="Torna alla pagina principale" href="index.html"></a>';
}
while ($riga = mysql_fetch_array($tabella)) {
$utente = $riga ['utente'];
$folder = $riga ['IDFolder'];
$capsule = $riga ['IDCapsule'];
$report = $riga ['IDReport'];
$descrizione = $riga ['Descrizione'];
echo (' <p class="testo" name="dati">' .$utente. ' - ' .$folder. ' - ' .$capsule. ' - ' .$report. ' - <b>' .$descrizione.' </b></p> ');
}
}
unset($_SESSION['Utente']);
unset($_SESSION['Folder']);
unset($_SESSION['Capsule']);
unset($_SESSION['Report']);
?>