Le cartelle sono di impaccio relativo.
Diciamo che al motore non interessa la profondità delle cartelle, bensì quella degli URL per arrivare al file.

Se per assurdo per arrivare al file D devi fare
root/file A --> root/File B --> root/File C --> root/File D

probabilmente avrai risultati meno rilevanti di
root/file A --> root/cartella/cartella/File D

Procedi dunque come è più conveniente ai tuoi fini valutando quanto sopra esposto.