Ho il desiderio di far attivare l'account da una mail che io spedisco all'utente.

Non saprei proprio come fare ovvero vorrei che sia un sistema diciamo sicuro, non vorrei passare nessuna variabile in chiaro appesa al collegamento ad esempio:
codice:
miapagina.php?id_account=1&abilitazione=1
In questo caso id_accont=1 sono diciamo in chiaro, ed è chiaro (un bel gioco di parole) che da questo link a fare una query di aggiornamento sul id_account=1 si sta un'attimo.

Avete qualche idea?

Non so se lavorare con le sessioni, ma il problema è che dopo venti minuti per motivi di sicurezza io una sessione la faccio scadere.

Tutte le idee sono ben accette...