Ciao il problema non è di phpmyadmin, purtroppo il fatto è che c'è un limite massimo sulla dimensione dei file mandati via web.
In questi giorni stavo cercando anche io di risolvere un problema analogo, e al momento ho scritto questo script, non è perfetto, però mi fa risparmiare un sacco di tempo.
Per prima cosa esegui un backup del tuo vecchio db salvandolo con il formato gzip.
Successivamente tramite FTP metti quel file on.line insieme ad una pagina php contentente il codice che ti ho scritto qui sotto.
Ora esegui la pagina ed ecco che avrai trasferito il tuo Db senza troppa fatica.
In seguito ti consiglio di cancellare il file di backup e la pagina che hai messo on-line
codice:
<?php
/*------------------------------------------------------
Script che permette di effettuare un upload di un database
salvato con il formato .gz
Attenzione
Al momento è stato testato solo con i file di backup in formato gzip creati da phpmyadmin
------------------------------------------------------*/
//Nome del file di backup del db
$dbcompresso= "";
//Indirizzo del server Es. sql.miodominio.tdl
$mysqlhost = "";
//Nome del database
$mysqldb = "";
//Nome dell'utente
$mysqlname = "";
//Password dell'utente
$mysqlpassword = "";
//Connessione al database
$db = mysql_connect ("$mysqlhost", "$mysqlname", "$mysqlpassword") or die ("Impossibile collegarsi al Database");
mysql_select_db ("$mysqldb");
//Apertura del file di backup, attenzione il file deve essere già on-line
$handle = gzopen($dbcompresso, 'r');
$temp="";
while (!gzeof($handle)) {
//lettura di una riga dal file compresso
$temp=$temp.gzgets($handle);
//Ogni volta che si trova il carattere ';' si esegue una query contenente tutto quello che è memorizzato nella variabile $temp
//successivamente la variabile viene svuotata
if($temp[strlen($temp)-2]==";"){
mysql_query($temp, $db);
$temp="";
}
}
gzclose($handle);
?>