Allora vediamo se ho capito e riesco ad aiutarti. 
1)Usa un contatore che inizializzi a 1 e incrementi nel ciclo in cui stampi i campi:
codice:
Dim contatore
contatore = 1
For .....
response.write "<input type='text' name='Campo<%=i%>' value=0>"
contatore = contatore + 1
Next
2)Ad uscita ciclo creati sulla pagina un campo "hidden" in cui stampi dinamicamente il numero (che come dici sarà variabile) totale dei campi:
codice:
<input type="hidden" name="num_campi" value="<%=contatore-1%>">
3)A questo punto nel JS puoi passare il value del campo di nome "num_campi":
codice:
Somma = 0
N = document.nome_della_form.num_campi.value
for (i = 1; i <= N; i++){
Somma = Somma + this.campo[i].value
}
E' un inizio vedi come va.