Usando la funzione z-index creo un div trasparente che va a ricoprire la schermata principale. Il problema è che la trasparenza copre solo l'altezza del monitor (cioè il 100%) e quindi, se il contenuto della pagina principale è maggiore di questo limite, il div trasparente si interrompe.

Spero di essere riuscito a far capire il problema altrimenti cercherò di spiegarlo meglio.

Posto il codice del div con trasparenza per maggior precisione:

position: absolute;
top: 0;
left: 0;
z-index:100;
width: 100%;
height:100%;
background-color: #000;
:alpha(opacity=60);
-moz-opacity: 0.6;
opacity: 0.6;