Salve a tutti, devo configurare uno script PHP con protezione delle cartelle ma non ho le idee molto chiare

ipotizziamo che le mie tre directory sul server all'interno della cartella del sito HTDOCS si chiamino: ATO UTO ITO
ATO sua password: UNO
UTO sua password: DUE
ITO sua password: TRE
l'url del sito fosse ad esempio: www.mioupload.it
non capisco cosa io debba mettere in "dir"
nell'esempio allegatp allo script sottostante pareva di capire che ad esempio in dir andasse la cartella principale di ciascuna delle tre.
Esempio: cartella principale contenente la cartella ATO: chiamiamola UPLOAD
allora il discorso potrebbe diventare "dir": UPLOAD/ATO/
ma se a me non interessa creare una sottocartella occorre che io scriva in pratica ATO sia in "name" che in "dir"?oppure
in dir va l'url completo del sito? in questo caso: http://www.mioupload.it/ATO/...ecc...
Mi potresti sviluppare l'esempio di cui sopra partendo da zero?
I files index.php e config.php vanno trasferiti dentro HTDOCS o è meglio metterli dentro una cartella? In questo caso occorre
allora mettere il segno./ in "dir" ?
Questo perchè se, presumo, sia index.html che index.php si trovassero nella stessa
cartella, quella dove è contenuto il sito e in questo caso HTDOCS potrebbero crearsi dei
conflitti e l'uno prevalere sull'altro.

ecco il testo dello script da modificare, ho iniziato ad inserire i dati ma mi sono poi
fermato in "dir"

<?
/*
Upload dirs(folders) list
- - - - - - - - - - - - - - - - - -
"images" => array(
"dir" =>"uploads/images",
"password"=>"images",
),
- - - - - - - - - - - - - - - - - -
"images" - just section name (any name you like), it is a key
"name" - the dir(folder) name in select box
"dir" - path to uploaded files
"password" - "dir" password
*/
$upload_dirs = array(
"images" => array(
"dir" =>" /",
"name" =>"ATO",
"password"=>"UNO",
),
"docs" => array(
"dir" =>" /",
"name" =>"UTO",
"password"=>"DUE",
),
"common" => array(
"dir" =>" /",
"name" =>"ITO",
"password"=>"TRE",
),
);

$max_file_size = 500000*1024; //max file upload size (bytes)
?>