Quella dei 4gb è una limitazione di FAT32, ma un pò tutti i progammi per la creazione di files di grossa dimensione dispongono di opzioni per lo split dei files al raggiungimento di una determinata dimensione.
Windows XP include un comando per la conversione del filesystem e dei files, ma in ogni caso è preferibile un backup dell'unità.
Il comando è convert.exe
CONVERT volume: /FS:NTFS [/V] [/CvtArea:nomefile] [/NoSecurity] [/X]
codice:
Opzioni:
volume Specifica la lettera dell'unità, il punto di montaggio
o il nome del volume seguiti da due punti.
/FS:NTFS Specifica la conversione del volume in NTFS.
/V Specifica che Convert dovrebbe essere eseguito in modalità
dettagliata.
/CvtArea:nomefile
Specifica un file contiguo nella direcotry principale
come segnaposto per i file di sistema NTFS.
/NoSecurity Specifica che le impostazioni di protezione dei file
convertiti e delle directory sono accessibili a tutti.
/X Forza il volume a essere smontato per primo se necessario.
Tutti gli handle del volume aperti non saranno più validi.
Il mio consiglio è quello di convertirlo solo se ne hai effettivamente bisogno, in quanto il filesystem FAT32 è meglio riconosciuto dagli altri sistemi operativi come linux, windows 98 o MS DOS. Fare in modo che questi ultimi riconoscano NTFS è più complicato, e su di un'unità portatile è importante che venga riconosciuta da quanti più PC possibile. A te la decisione 
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