il focus lo fai con il document.getElementById.focus();
per gestirli puoi usare id simili... nel senso
codice:
<input type="checkbox" ID="chk1" value="checkbox1" onclick="java-script:Garage(1);">
<input name="mqgarage" type="text" size="3" ID="txt1"></td>
<input type="checkbox" ID="chk2" value="checkbox1" onclick="java-script:Garage(2);">
<input name="mqgarage" type="text" size="3" ID="txt2"></td>
<input type="checkbox" ID="chk3" value="checkbox1" onclick="java-script:Garage(3);">
<input name="mqgarage" type="text" size="3" ID="txt3"></td>
function Garage(x){
if(document.getElementById('chk'+x).checked){
document.getElementById('txt'+x).disabled=false;
document.getElementById('txt'+x).focus();
} else {
document.getElementById('txt'+x).disabled=true;
}
}