Io non so che applicazione sia wget.exe, ma non è che è questo wget che si ferma (magari per ottenere un input o qualcosa del genere)?
Prova a modificare il programma in questo modo (e prova ad avviarlo da riga di comando, lascia perdere eclipse, che potrebbe interferire):
codice:
try{
Runtime rt = Runtime.getRuntime();
System.out.println("Avvio wget...");
Process proc = rt.exec("wget/wget.exe -P " + dest + " "+ source + "");
System.out.println("wget è partito...");
proc.waitFor();
System.out.println("wget ha terminato l'esecuzione.");
System.out.println("FILE " + record[1] + " SALVATO");
}catch(Exception e){ e.printStackTrace(); }
Ciao.