FlatFile DataBase

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Sto sistemando un piccolo progetto che utilizza dei FlatFile come data base .
Ora secondo voi è meglio avere più file di testo come data base o un'unico file di data base in termini di prestazioni ?
Facciamo un'esempio concreto ... diciamo che sto catalogando le categorie di software, quindi avrò delle Categorie Principali, delle Sotto Categorie e infine i programmi.

Alla data attuale io ho un DB con l'elenco delle categorie e delle sotto categorie.
E molti DB per ogni singola Categorie .... esempio:

DB_Cat.txt = File delle categorie e sotto categorie costituito da un array.

$cat_idcat = array (
    0 => array ('titolo'    => "Internet Web",
                'link'    => "internet/internet-web.php",
                'subcat'   => array (
                "Browser web"
                => array ("internet/browser.php",
                        "Browser web software", ),
                "Offline Browser"
                => array ("internet/offline.php", ...... 

DB_Sub.txt = File della sotto categoria contenete le info della stessa oltre a tutti i programmi

$sub_grafica = array
(
    0 => array( 'subcat'        => "Fotoritocco",
                'urlfile'        => "fotoritocco.php",
                'nome'            => "Paint.NET", .... 

O mi conviene inglobare il tutto in un unico file di DB?
Il progetto in questione è SlyPage
Grazie per la disponibilità