Ok, allora secondo me ti conviene creare una mappa chiave-valore/i
la chiave potrebbe essere il giorno, il/i valori una classe che contenga i campi X, Y e valore misurato. Ovviamente, assumendo che per ciascun giorni ci possano essere più valori misurati, conviene che la parte "valore" della mappa sia anch'essa una struttura (tipo lista ordinata), lista che eventualmente conterrà un unico valore.
codice:
chiave (giorno) | valore (/lista)
[1] | [0, 0, 3.4]
[34] | [0, 4, 4.8]
[361] | [5, 6, 3]
Nel caso in cui ci fossero più valori per un dato giorno
codice:
chiave (giorno) | valore (/lista)
[1] | [0, 0, 3.4]
[34] | [[0, 4, 4.8], [1, 25, 5.2]]
[361] | [5, 6, 3]
Darei un'occhiata al framework "Collections":
c'è un articolo anche qui su html.it
http://www.html.it/articoli/java-col...s-framework-1/
ed ovviamente la guida ufficiale
http://docs.oracle.com/javase/tutorial/collections/