Volevo il vostro parere su una cosa. Riguarda gli url e i modi per mantenerli "puliti".

Se fate caso a siti come questi,
- www.zeldman.com
- www.simplebits.com
- www.alistapart.com
notate che, cambiando sezione del sito, l'url corrisponde a www.sito.it/nomesezione/, quindi senza il nome della pagina, ma solo della directory.

Per fare ciò occorre quindi avere pagine chiamate index, il server che carichi in automatico tali pagine, ecc.

La mia domanda è: vale la pena fare qualche cartella in più sul server per ottenere url puliti?

A mio avviso sì. A monte, ovviamente, ci va un solido progetto di struttura.