Me ne sono accorto solo ora dopo 2 mesi, o cmq nn ricordo di averlo già visto:
Nel sito ho nell'HEAD una chiamata ad un file js esterno che serve per le statistiche!
In FF tutto ok, in IE invece la presenza di questo script mi genera uno spazio (lo si riesce anche a selezionare) sopra il sito spostando il tutto più in giù e lasciando un eccessivo e sgradevole spazio bianco superiore.

Ho provato ad impostare margini nulli o display none al tag "script" ma nulla.
Qualche soluzione?