Salve ragazzi... ennesimo problema!

Dunque. Ho sviluppato un'applicazione in asp.net framework 3.5. Ho installato quest'applicazione in un windows server 2003 con IIS 6.0. Nel server è installato e utilizzato anche lo sharepoint. Ho aggiornato il framework e riavviato tutto (usando i comandi aspnet_regiis -i e iisreset). L'azienda utilizza il companyweb. Il mio problema è questo. Se nella scheda ASP.NET delle proprietà del sito è settato il framework 1.1 il soft non funziona. Se setto il framework 2.0 funziona il mio soft ma non funziona. Se setto il framework 2.0 al companyweb quest'ultimo non funziona segnalandomi che è stato sviluppato per funziona con il framework 1.1. Se rimetto il framework da 2.0 a 1.1 nel companyweb, lui riprende a funzionare ma il mio soft non funziona più. Leggendo nel registro errori server, in pratica dice che non è possibile usare contemporaneamente i due framework!!!
Qualcuno ha qualche suggerimento per risolvere questo problema???
Distinti saluti