Per convenzione ho sempre inserito tutto il codice javascript all'interno dell'head (e poi eventualmente richiamato qualche funzione con eventi).

Dato sto facendo un sito che richiama molto js ma molte funzioni sono utilizzate solo in certe pagine mi sarebbe più comodo caricare gli script solo in quelle pagine.
Questo però comporterebbe che gli script verrebbero inseriti nel tag body e non nell'head.

Questa è una mia pagina:

index.php

include ("top.php");
codice php...
include ("bottom");

per cui tutto il js era nella parte top.php che però viene caricata in tutte le pagine.

Ci sono delle controindicazioni nell'inserire gli script all'interno della parte body? Ovvero:

include ("top.php");
<script>...</script>
codice php...
include ("bottom");

Se non ho capito male nel w3c dice che ormai è indifferente.

grazie