Ho apportato delle modifiche per contare solo l'user, ora funziona tutto, l'unica cosa che non riesco a sistemare è che quando arrivo al limite max totale della mail e poi ritorno all'user, questo mi permette di inserire altri caratteri anche se prima ero al limite massimo consentito dell'user stesso.

Codice PHP:
 // Conta lunghezza username
function contaUser(suoemail) {
var 
val document.forms.mioform1;
var 
output '';
max=5
if(suoemail.indexOf('@')<0) {
val.suoemail.value val.suoemail.value.substring(0,max);
output suoemail.length max "Username: max 5 caratteri" '';
document.getElementById('contaUser').innerHTML = (output '');
}
else {
document.getElementById('contaUser').innerHTML "";
}