Potresti provare ad usare il comando eval(var);

eval ti permette di eseguire come comando php, il contenuto della stringa che gli dai in input.
Praticamente var è una stringa che contiene un comando php.
e con eval tale comando viene eseguito.
Nel tuo caso dovresi fare che $config sia una stringa che viene fuori dal ciclo inizializzata con

$comando = "$config = Array(";

mentre nel ciclo while ti finisci la stringa

while (...)
{
$comando .= "....";
}

e poi termini con
$comando .= ");
eval($comando);

In realtà io non l'ho mai usato tale comando quindi non so se ho scritto cose sbagliate.
Fai delle prove. Poi postami il codice esatto, potrebbe anke a me tornare utile.

Ciao.