Cosa intendi con:
mi fa un report che mi dice quali valori sono ok


Se intendi come credo io, con opendir() e reddir(), riesci a leggere il contenuto di una cartella, e lo salvi in un array.
Interroghi poi il DB ed estrapoli i nomi dei file presenti (fetchando i risultati in un altro array), con un semplice ciclo per ogni chiave del primo array usi in_array() e fai il raffronto con quello del fetching... quindi controlli se per ogni file c'è una corrispondenza o meno nel DB.