innanzitutto c'e' un errore nel form; entrambi i campi file hanno lo stesso nome, devi usarne uno per il pdf e uno per la foto. Poi non c'e' bisogno di modificare nulla nella pagina del form, basta prendere le due variabili che vengono dal form, anteporre il percorso e inviare tutto al db...

poi devi ripetere questo codice per l'upload del pdf cambiando nome alla variabile

elseif ($error == UPLOAD_ERR_OK) {
$tmp_name = $_FILES["file"]["tmp_name"][$key];
$name = $_FILES["file"]["name"][$key];
move_uploaded_file($tmp_name, "../upload/nuovo/$name");
print("Inserimento avvenuto correttamente");
}