Per leggere le righe di un file di solito uso questo parser postato da lucked tempo addietro

codice:
import java.io.* ;

class ContaRigheTesto{
  public static void main(String[] arg){

    try{
      int cont = 0;
      FileReader reader = new FileReader("input.txt");
      BufferedReader in = new BufferedReader(reader);
      while(in.readLine()!=null) cont++;
      System.out.println(cont);
    }catch(IOException e){}

  }
}
se invece avessi un testo con una riga vuota?

tipo:

La vispa Teresa
avea tra l’erbetta
A volo sorpresa
gentil farfalletta
E tutta giuliva
stringendola viva
gridava distesa:
"L’ho presa! L’ho presa!".

A lei supplicando
l’afflitta gridò:
"Vivendo, volando
che male ti fò?