ci sono un po' di errori mi sembra...
mmm vediamo..

Codice PHP:
<?php
    
function list_data($id){ 

    $id= array(); 
    $seq = array(); 
    $cognome = array();
    $comuni = array(); 
   
    $db = mysql_connect("localhost","root","");
    mysql_select_db("Generale", $db);
    $query = mysql_query("SELECT a.Id AS aid, b.cognome AS bcognome, b.Comune AS bcomune, b.Seq AS bseq FROM foglio1 AS a JOIN studenti AS b ON a.Id=b.Id WHERE a.Id=$id AND a.Id=b.Id AND a.Seq=b.Seq");
    while($myrow = mysql_fetch_array($query)){
        $id[] = $myrow['aid'];  
        $seq[] = $myrow['bseq']; 
        $cognome[] = $myrow['bcognome']; 
        $comuni[] = $myrow['bcomune']; 
    }

    return array("id" => $id, "seq" => $seq, "cognome" => $cognome, "comune" => $comuni); 

} 

function print_data($array){ 

$html = ""; 

for($i=0;$i<=count($array['id']);$i++){ 
$html .= "<tr>  
<td align= 'center'>{$array['id'][$i]}</td> 
<td align= 'center'>{$array['seq'][$i]}</td>  
<td align= 'center'>{$array['cognome'][$i]}</td>  
<td align= 'center'>{$array['comune'][$i]}</td>
</tr>";  
} 

return $html; 
} 

//utilizzo 

$data = list_data($tuo_id); 
echo print_data($data); 


?>
da quel che ho capito, dimmi se sbaglio... estrai il valore 'Seq' dalla tabella studenti passandogli l'id, poi ricerchi i dati del comune solamente se
- Seq della tabella studenti e Seq della tabella foglio1 sono uguali
- Id della tabella studenti e Id della tabella foglio1 sono uguali
??

se è così dovrebbe andare, guarda se ti restituisce qualche errore...