[PHP] caricamento moduli

[elilo]

ciao, sto cercando di rendere dinamico il più possibile un sito. ho slegato i dati dal template usando rainTPL e adesso ho caricato i moduli ma ho dei problemi.

allora, in sostanza prendo la struttura del modulo da un file modulo.html

<div class='art-Block'>
    <div class='art-Block-tl'></div>
    <div class='art-Block-tr'></div>
    <div class='art-Block-bl'></div>
    <div class='art-Block-br'></div>
    <div class='art-Block-tc'></div>
    <div class='art-Block-bc'></div>
    <div class='art-Block-cl'></div>
    <div class='art-Block-cr'></div>
    <div class='art-Block-cc'></div>
    <div class='art-Block-body'>
        
		<div class='art-BlockHeader'>
			<div class='l'></div>
			<div class='r'></div>
			<div class='art-header-tag-icon'>
				<div class='t'>[title]</div>
			</div>
		</div>      
        
        <div class='art-BlockContent'>
            <div class='art-BlockContent-body'>
                <div>
                    

[content]</p>
                </div>
            </div>
        </div>
    </div>
</div>

utilizzando questa funzione la unisco con i moduli caricati in un database e creo la stringa che poi và a prendere il posto del marker della sidebar (la sostituzione viene fatta da rainTPL)

    function loadModules($cDb, $db, $position, $pathToModuleStruct) {
        $ret = "";
        $query = $cDb->eseguiQuery($db,"SELECT id,title,rootPath,loadPage
                                          FROM modules
                                              WHERE sidebarPos = '" . $position . "'
                                            AND visible = 1");

        while($row = mysql_fetch_array($query)) {
            //crea il vettore coi dati
            $vModule[] = array("id"            => $row['id'],
                               "title"        => $row['title'],
                               "rootPath"    => $row['rootPath'],
                               "loadPage"    => $row['loadPage']);
        }
            
        foreach($vModule as $mod) {
            $content = getIncludeContents("modules/" . $mod['rootPath'] . "/" . $mod['loadPage']);
            
            if($content == false) {
                $ret .= moduleError("Errore caricamento modulo [b]" . $mod['title'] . "[/b]");
                continue;
            }
            
            $incMod = includeModule($pathToModuleStruct, $mod['title'], $content);
            
            if($incMod == false) {
                $ret .= moduleError("Errore caricamento modulo" . $mod['title']);
                continue;
            }
                
            $ret .= $incMod;
        }
            
        return $ret;
    } 

la funzione includeModule unisce la struttura con il contenuto

    function includeModule($pathModuleTemplate, $title, $content) {                        
        $mod = getIncludeContents($pathModuleTemplate);
        if($mod != false) {
            $mod = str_replace("[title]",$title,$mod);
            $mod = str_replace("[content]",$content,$mod);

            $mod = str_replace("[if icon=true]","",$mod);
            $mod = str_replace("[endif]","",$mod);

            return $mod;
        }
        else {
            return false;
        }
    } 

la funzione getIncludeContents serve per caricare in una variabile il contenuto di una pagina

    function getIncludeContents($filename) {
        if (is_file($filename)) {
            ob_start();
            include $filename;
            $contents = ob_get_contents();
            ob_end_clean();
            return $contents;
        }
        return false;
    } 

in sostanza il mio problema è che una pagina in puro HTML la carica senza problemi...mentre se carico una pagina con contenuto di JS il JS non funziona...come faccio a caricare anche gli script javaScript?
lo so che ho scritto un sacco di roba ma vabbè
grazie ciao