ok allora per il primo problema ho risolto, almeno per adesso che uso un server di prova online,ma credo che anche per far girare il tutto in locale non ci siano problemi.
Per non vedere la finestra di conferma basta andare nelle preferenze di adobe reader e disabilitare la protezione avanzata(ma credo si possa lasciarla anche abilitata), poi inserire nella lista delle posizioni privilegiate il nome del sito su cui gira lo script o i percorsi delle cartelle dei file da stampare e tutto funziona . Adesso serve solo un modo per chiudere la pagina a stampa finita